Fundada em 1924, a Associação Desportiva Sanjoanense é anterior à própria emancipação concelhia de S. João da Madeira, que aconteceu em 1926. Nos primeiros anos de vida, a ADS era essencialmente um clube de futebol.

Na década de 30 do século passado, começou a diversificar as suas actividades com a abertura da secção do atletismo e a aposta forte no basquetebol. Os atletas da modalidade já treinavam há alguns anos mas em finais dos anos 30 preparavam-se para entrar no Campeonato de Aveiro.

Outro desporto marcou a década e pôs o nome de Ângelo Bastos para sempre na história da ADS. O motociclista venceu, em 1934, os Circuitos da Boavista e de Aveiro.

Na década seguinte, o clube despertou para o hóquei em patins e cresceu, de uma forma geral, no panorama desportivo nacional. Em 1948, inaugurava-se o rinque de patinagem no recinto da ADS e, dois anos depois, a equipa de corridas em patins sagrava-se campeã regional do norte. Com o novo equipamento, o basquetebol ganhava novo fôlego e um campo próprio. As novas modalidades começavam a prender a atenção dos mais jovens.
Em 1952, estava pronto o novo rinque de patinagem, parte do Pavilhão de Desportos, que só estaria concluído em 1960.

Nos anos seguintes, o clube tentou afirmar outras modalidades. Se a angariação de fundos para a secção de ginástica correu como o desejado, já o voleibol teve dificuldade em afirmar-se por falta de incentivo.

Em 1962, ressurge a secção de andebol, depois de 10 anos de interregno. Um ano depois, o basquetebol ganha uma secção feminina. O relvado do Conde Dias Garcia é inaugurado em 1964 e a pista de atletismo em 1967.

Em 1971 a secção de hóquei em patins foi suspensa para reabrir logo no ano seguinte. Em 1973, o hóquei passa a ter uma escola de formação. No mesmo ano, reabre o atletismo.
Em 1977, o ciclismo passa a fazer parte do leque de modalidades da Sanjoanense. As equipas de seniores e de veteranos começam por participar em provas regionais e nacionais. Em 1978, a equipa feminina de atletismo da ADS conquistou o título de campeã nacional e a formação masculina o de campeões regionais de corta-mato.

A criação de comissões administrativas independentes, em 1980, veio dar maior autonomia às secções amadoras. A nova década ficou marcada ainda pela abertura da secção da natação e pelo triunfo europeu da equipa sénior de hóquei em patins. A formação conquistou a Taça das Taças da modalidade, em 1986.

Nos últimos anos, a ADS foi, por mais que uma ocasião, distinguida pelos poderes central e local. Em 1991, pelo 67º aniversário do clube, o ministro da Educação, Roberto Carneiro, atribui-lhe a Medalha de Bons Serviços Desportivos e a autarquia, a Medalha de Mérito Municipal. Em 1999, quando a ADS apagou 75 velas, o secretário de Estado, João Carlos Silva, natural da terra, atribuiu ao clube a Medalha de Mérito Desportivo.

Em 2020, o Andebol da ADS subiu à Primeira Divisão Nacional (Campeonato Placard Andebol 1), feito histórico, que não acontecia há 33 anos. Em 2021, continua a assegurar a presenção na mais importante competição portuguesa de Andebol e a assegurar a formação contínua de mais de uma centena de jovens de S. João da Madeira e arredores, sendo uma referência a nível nacional.